AYS:n keskeisiä toimintamuotoja ovat avoin tieteellinen julkaiseminen, tieteen rajapinnoilla toimiminen ja tiedepoliittinen vaikuttaminen. Toimintaa läpileikkaavia tavoitteita ovat kriittisen yhteiskuntatieteellisen tutkimuksen edistäminen, suomalaisen tiedeyhteisön sekä suomenkielisen tieteellisen julkaisemisen ylläpitäminen ja uudistaminen, nuorten tutkijoiden kehityksen tukeminen ja monitieteisyyden vahvistaminen.
- Avoin tieteellinen julkaiseminen: Kaikki AYS:n julkaisutoiminta on täysin avointa ja maksutonta sekä kirjoittajille että lukijoille. Korketasoisen, monitieteisen julkaisutoimintansa kautta Alue & Ympäristö -lehti vie eteenpäin alue- ja ympäristötutkimuksen teemoja koskevaa yhteiskuntatieteellistä tutkimusta, samalla ylläpitäen ja uudistaen suomenkielistä tiedettä.
- Tieteen rajapinnoilla toimiminen: Versus-foorumi on perustettu edistämään monipuolisesti alue- ja ympäristötutkimuksen vuoropuhelua eri tieteenalojen, taiteen, aktivismin ja muiden toimijoiden kanssa. Dialogiset tapahtumat ja keskustelusarjat pureutuvat ajankohtaisiin kysymyksiin.
- Tiedepoliittinen vaikuttaminen: AYS osallistuu aktiivisesti suomalaiseen tiedepoliittiseen keskusteluun ja toimintaan, yhtäältä Tieteellisten seurojen valtuuskunnan jäsenenä ja toisaalta alue- ja ympäristötutkimuksen alaa edustavana yhdistyksenä. Tämä tarkoittaa pitkäjänteistä toimintaa tiedeyhteisössä ja osallistumista ajankohtaisiin kehittämishankkeisiin.
AYS:n toiminnasta vastaa johtokunta yhdessä Alue & Ympäristön ja Versuksen toimitusten kanssa. Edustustemme kautta toimimme yhteistyössä erityisesti maantieteen ja aluetieteen instituutioiden kanssa.
Vuosien 2017-2018 aikana AYS uudistaa julkaisutoimintaansa Koneen Säätiön rahoittamassa kehittämishankkeessa, yhteistyössä Suomen Maantieteellisen Seuran (SMS) ja Yhteiskuntatieteellisen ympäristötutkimuksen seuran (YHYS) kanssa.